Sakura e Syaoran sono due cari amici di infanzia, Sakura è la Principessa del Clow Country, un regno che sorge sul deserto, Syaoran è il figlio Fujitaka un archeologo che sta studiando le rovine che vi sono fuori dalla città, purtroppo Fujitaka viene a mancare e Syaoran è costretto a portare avanti il "sogno" di suo padre che è quello di portare alla luce le rovine.
Da quel momento in poi il rapporto tra Sakura e Syaoran si fortifica ancora di più e lei va' a trovarlo ogni giorno, contro il volere del fratello maggiore: Touya che attualmente è il re del regno. Yukito, sommo sacerdote, non che come in Card Captor Sakura, migliore amico di Touya avvertirà quest' ultimo che Syaoran è il prescelto per Sakura e che lei possiede dei poteri molto forti e che porteranno tristezza e guerre, ma Touya non gli presterà ascolto.
Contemporaneamente, Sakura è decisa a rivelare i suoi sentimenti per Syaoran e la prima volta viene bruscamente interrotta dal fratello che la richiama al castello. La seconda volta Sakura lo raggiungerà agli scavi dove proprio in quel momento Syaoran sta cercando di capire uno strano "sigillo" nel pavimento diverso da tutti gli altri fino ad allora visti nelle rovine. Sakura viene misteriosamente attratta da quel sigillo come in trance lo tocca. Subito si scatena un fortissimo terremoto generato dall'apertura del sigillo sotto Sakura, che viene trasportata in una stanza segreta sottostante alla prima, dove lo stesso sigillo è incastonato nel muro, in quello stesso momento sulla sua schiena compaiono delle ali luminose. Il sigillo dietro di lei reagisce iniziandola ad inghiottire, ma Syaoran intanto si era arrampicato e prima che Sakura potesse essere risucchiata viene prontamente salvata da Syaoran, questo però risulta dannoso: le ali si frammentano in una miriade di piume che volano in alto scomparendo e Sakura perde conoscenza. Syaoran esce in fretta dalle rovine e non appena fuori, vede una battaglia in corso: dei "tizi" neri, sono arrivati comparendo dalle rovine durante il terremoto e hanno cominciato ad attaccare gli abitanti.
Fortunatamente prima che uno di loro possa colpire Syaoran, Touya riesce ad ucciderlo. Yukito arrivato insieme a lui legge la mente di Syaoran e gli rivela che le piume che si sono sparse non sono altro che i ricordi della Principessa, senza di esse Sakura morirà. Syaoran immediatamente si offre di recuperarle.
Con i suoi poteri Yukito, manderà i due dalla Strega Dimensionale, Yuuko, che sicuramente sarà in grado di aiutarli nella ricerca in qualche modo.

Quando i due arrivano da Yuuko, contemporaneamente giungono altre due persone: Fye D. Flowrite e Kurogane.
Fye un mago del regno di Celes, scappato dal suo regno perchè ha "addormentato" se così si può dire il re: Ashura.
Kurogane invece è un Samurai del Giappone Antico a serviziodalla Principessa Tomoyo, mandato da Yuuko per fargli comprendere il vero significato della forza.

Syaoran fa la richiesta di poter viaggiare nei mondi per poter recuperare le piume di Sakura, Fye chiede di non ritornare nel mondo da cui è venuto, Kurogane invece l'opposto: tornare nel mondo da cui è giunto.

Yuuko spiega che per poter realizzare le loro richieste bisogna darle in cambio come "pagamento" qualcosa di ugual valore, Kurogane è costretto a pagare dando la sua preziosissima Katana, Fye la fonte dei suoi poteri: un tatuaggio sulla schiena, mentre Syaoran è costretto a sacrificare la sua amicizia con Sakura.
Fatto il pagamento, viene dato Mokona: che al contrario di Magic Knight Rayearth, sa' parlare ed inoltre serve per comunicare con persone di lingua differente.

Tutti e tre partono cominciando così il loro viaggio di mondo in mondo alla ricerca delle piume di Sakura.